Az Országos Kórházi Főigazgatóság Jogi Igazgatósága két Főosztályból áll. A Jogi és Igazgatási Főosztályból és a Jogi Működéstámogató, Betegjogi és Panaszkezelési Főosztályból.

A Jogi és Igazgatási Főosztály a szabályozással kapcsolatos feladatellátásának körében a belső szabályzatok készítését, illetve az OKFŐ által fenntartott intézmények szabályzatainak jóváhagyását, továbbá a megküldött jogszabályok véleményezésének koordinálását és az OKFŐ által kezdeményezett jogszabályok kodifikációját látja el. 
Az egészségügyi irányítással kapcsolatos feladatkörében a Főosztály az OKFŐ által kiadott szabályozók előkészítését, illetve az intézményi irányítás és szabályzatalkotás alapelveinek kidolgozását végzi. 
A Főosztály feladata továbbá a fenntartott intézmények peres ügyeinek nyilvántartása, egységes elveinek kidolgozása, továbbá igazgatási feladatai keretében az iratkezelési feladatokat ellátása.

A Jogi Működéstámogató, Betegjogi és Panaszkezelési Főosztály  fő feladata az OKFŐ általános jogi támogatása és klasszikus jogi feladatok elvégzése, így szerződések, szerződésmódosítások előkészítése, véleményezése, jogi állásfoglalások készítése, a jogi területet érintő adatszolgáltatások elvégzése.

A Főosztály jogi szempontból véleményezi az OKFŐ által fenntartott intézmények szerződéseit az erre meghatározott informatikai rendszerben.
A fentieken túl a Főosztály végzi az OKFŐ-höz, valamint az intézményekhez érkezett panaszok jogi szempontú vizsgálatát, az illetékes szervezeti egységekkel történő szakmai véleményeztetést, a választervezetek jogi szempontú vizsgálatát és véglegesítését valamint nyilvántartja a panaszokat. További feladata a panaszkezelés kapcsán az intézmények gyakorlatának vizsgálata és egységes elvek kidolgozása.